当サイトのドメインは zu-min.com を使っているのですが、ハイフンを含めたことで少し困ったことがあったので紹介します。
サーバー構築とか、SEO とか、サイトを運営する上で困ったことは特にないのですが、ドメインを開発で使う時にちょっと困った点があります。
打ちづらい
パソコンで打つときは特に気にならないのですが、スマートフォンで動作確認したいってなったときに URL を手打ちで入力することがあります。

そうしたときにハイフンは記号なので、記号に切り替えるキーをタップしないといけないという手間が発生します。

大した手間ではないのですが、何度も繰り返すと気になってきます。これは数字も同様ですね。
Java のパッケージ名にできない
Java のパッケージ名はドメインの順序を逆さにしたものを使うのですが、ハイフンは使用することができません。

ハイフンを含む場合はアンダースコア(_)に置き換えるのが一般的ですが、個人的には結構違和感があります。

まとめ
どれも些細な事なので、特に気にならなければハイフン有のドメインでも問題ないと思います。